Агентство было создано распоряжением Правительства Республики Башкортостан в 2013 году.

Учредитель Агентства - Министерство предпринимательства и туризма Республики Башкортостан. Целью создания и деятельности АНО является поддержка субъектов малого и среднего предпринимательства на территории Республики Башкортостан, обеспечение доступа субъектов малого и среднего предпринимательства, организаций, образующих инфраструктуру поддержки субъектов малого и среднего предпринимательства Республики Башкортостан и физических лиц, применяющих специальный налоговый режим «Налог на профессиональный доход», осуществляющих деятельность на территории Республики Башкортостан, к кредитным и иным финансовым ресурсам, развитие системы поручительств и независимых гарантий по основанным на кредитных договорах, договорах займа, договорах финансовой аренды (лизинга), договорах о предоставлении банковской гарантии и иных договорах обязательствам субъектов малого и среднего предпринимательства и (или) организаций, образующих инфраструктуру поддержки субъектов малого и среднего предпринимательства и физических лиц, применяющих специальный налоговый режим «Налог на профессиональный доход».

Агентство является единым органом управления организациями инфраструктуры поддержки предпринимательства и одним из основных исполнителей в Башкортостане нацпроекта «Малое и среднее предпринимательство». В структуру Агентства входят Гарантийный фонд Республики Башкортостан и Центр «Мой бизнес» РБ, который включает в себя Центр поддержки предпринимательства, Центр народно-художественных промыслов, Региональный центр инжиниринга, Центр инноваций социальной сферы. В 12 городах и районах работают обособленные подразделения Центра «Мой бизнес».